刘正字清卿，清州人。好学，十五岁就学习衙门公事，初任制国用使司令史，后升迁尚书户部令史。至元八年(1271)取消转运司，设局核实拖欠租税，由刘正主管此事。大都运司欠赋税银五百四十七锭，逮捕了倪运使等四人，经审查确实不欠，却长期不予结案。刘正察出是冤案。至元五年李介甫领取租税的七张收据，其款与欠税数相合，字迹是司库辛德柔写的。辛原很贫困，发迹后交结权贵，没人敢问此事。刘正查到实情，告诉尚书审讯他，收回了全部租税银。辛服罪，被冤的四人获释，刘正因此出名。后调任枢密院令史。
十四年诸王昔里吉反叛，刘正到居庸关，守卫认为前面形势紧急，要求暂退，刘正说：“我的职务该进而不进，后面的人就更加害怕。”他出关到上都，边将请求以金银符充实战赏，中书令工部铸造发给，后来要查究处理。刘正说：“军赏贵在迅速，先造符印再请示，也是可以的！”帝不再追查此事。
十五年提拔为左司都司，当时主持国政的阿合马与阿里伯、崔斌不合，诬陷二人盗官粮四十万，命刑部尚书李子忠与刘正兼程前往审查，后又派北京行省参知政事张澍等四人共同处理，竟将二人判处死刑，刘正因此称病回家。
十八年召入朝为左司员外郎。十九年春，阿合马合并中书左右司，刘正因而为左右司员外郎。三月阿合马被罢职，火鲁霍孙为左右丞相，再任命刘正任左司员外郎，刘正告假回家。九月中书传旨，将刘正与参政咱喜鲁丁逮捕一同送至京师，帝问：“你们与阿合马是同党，能无罪吗？”刘正说：“我不曾依附他，只是听从法令罢了。”几天后阿合马奸党多数处死，又将刘正械到拱卫司，火鲁霍孙说“：皇上曾说刘正是穿白衣，在炭穴中行走十年而身不污，可称得上廉洁。”由此免罪回家。
二十年春枢密院上奏举刘正为经历，后升参议枢密院事。二十五年桑哥设尚书省，升正为户部侍郎、户部尚书。曾核查河间盐运官亏欠盐课之事，几乎判罪，于是告病回家。二十八年桑哥倒台，完泽为丞相，恢复刘正户部尚书，又升参议。湖南马宣慰的庶子争荫不得而诬告其兄藏宋朝官员金银，正判他有诬告罪，仍让其兄为官。济南张同知的儿子求两淮转运使之职，正知不称职，不准。张散布流言，说他在判处湖南马宣慰争荫的案子上徇私情。帝召正追问，正说明真相，事情终于了结。
三十年先后任侍御史、吏部尚书、江南行御史台中丞。大德元年(1297)改同枢密院佥事，不久出任云南行中书省左丞。右丞忙兀突鲁迷失请求征伐缅甸，刘正认为不可，不久二人都被召回朝廷，正仍极力说明不能征伐的原因，不听从，这次征伐果然无功，云南百姓每年要缴纳的金银，接近中庆城所缴纳之数，百姓逃到离边寨远的地方。秋季行省派遣官吏带着军队去征收，人马口粮、草料、往返的费用，每年以万计。被差遣的官吏必须重重贿赂省臣，才能得到派遣。征收金银的数量，一定是十加二成，而赠送的钱财同缴纳官府的也一样多，派遣的人又把铜混在白银中缴纳给官府。刘正首先上疏指出他们弄虚作假，给官秤，使本地的官亲自到官府缴纳，才革除弊端。刘正到任的官府的储蓄为二百七十万索，白银一百锭，经过四年，储蓄达一千零七十万索，金一百锭，银三千锭。
七年秋，回到清州。八年六月以左丞身份巡察江西，十月巡察江浙。武宗即位，召入朝为左丞，升右丞。至大二年(1309)恳辞回家。仁宗即位，召集老臣商议国事，正到宫廷，提出八项建议：一守成宪，二重省台，三辨邪正，四贵名爵，五正官符，六开言路，七慎赏罚，八节财用。适逢大赦，改年号，召集群臣讨论了刘正的八项建议，并付诸实行。
仁宗初期政治产生广泛影响，其中刘正和老臣们做了很大贡献。正累次辞官都未获准，拜荣禄大夫、平章政事、议中书省事。讨论如何管理河南、淮、浙、江西的民田，增加茶盐课税，正极力反对，终没听从。这年大旱，农田无收。监察官认为天灾的发生，是由于执政者不称职，奸邪蒙蔽圣上，百姓多受冤屈，伤了天地和气所造成的。皇帝诏令朝臣讨论，平章李孟说：“调理的责任，儒臣只我李孟一人，请求辞职，让与贤人。”平章忽都不丁说：“台臣不能明察奸邪，批评时政，还追究别人。”刘正说：“御史台与中书省是一家，应该同心协力，或可或不可，均择善而行，怎能分彼此？”右丞相帖木迭儿传旨，廉访司权太大，审察诸事不能实事求是，从现在起不许独自决定六品以下官员之去留。忽都不丁、李孟准备讨论施行，刘正说：“人可选择，法不能更换。”延六年(1319)卒，赠宣力赞治功臣、光禄大夫、司徒、柱国、赵国公，谥号忠宣。
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